2009年年初，全國人大代表、武警新疆總隊政委侯小勤建議，將武警交通、水電部隊納入國家應急救援力量體系，充分發揮這兩支部隊在搶險救災中的專業優勢和突出作用。隨后交通運輸部、水利部、武警總部聯合上報了《武警水電、交通部隊納入國家應急救援力量體系方案》。
 
  方案提出，在不增加編制名額、不調整基本部署、不改變保障方式的前提下，按照“整體納入、重點建設、平戰結合、逐步優化”的原則，將兩支部隊納入國家應急救援力量體系，建設成為遂行救援急難險重任務的“國家隊”和專業骨干力量。
 
  2009年7月1日，國務院、中央軍委批準了《武警水電、交通部隊納入國家應急救援力量體系方案》，明確了武警水電、交通部隊參加應急救援任務，即主要擔負因自然災害等方面導致損毀的水利電力、交通樞紐等基礎設施的搶險救援，以及其他突發事件的應急處置等任務。其中，駐鄂武警水電三峽工程指揮部主要擔負長江中下游地區的江河堤防急工險段工程搶險，水庫、水電站大壩除險加固，堰塞湖工程排險，變電站、輸電線路和輸油輸氣管道等搶險搶建，以及其他突發事件的應急處置等任務。武警交通部隊主要擔負公路、橋梁、隧道、機場、港口等交通設施的搶修保通和特殊時期、特定條件下重要公路橋隧的管護任務。
 
  國務院、中央軍委批準的《武警水電、交通部隊納入國家應急救援力量體系方案》對部隊領導體制進行了重大改革，明確由交通運輸部、水利部部長或一名副部長分別兼任武警交通、水電部隊第一政治委員，同時在交通運輸部、水利部、國務院應急辦和兩支部隊之間建立聯席會議、聯絡員、信息共享、情況通報、預案銜接、專家指導等溝通協調機制。
 
  2009年8月21日，交通運輸部、水利部、武警總部在京聯合召開武警水電、交通部隊應急救援力量建設工作部署會議，傳達國務院、中央軍委對《武警水電、交通部隊納入國家應急救援力量體系方案》的批復精神。武警水電、交通部隊正式納入國家應急救援力量體系，標志著武警水電、交通部隊正式成為遂行應急救援任務的“國家隊”。
 
  未來5年，兩支部隊將按照分步推進要求，抓好以專業救援能力為主、兼備綜合救援能力的應急救援重點中隊建設，確保應對重大災害險情時能夠成建制就近用兵。到2011年底，兩支部隊將先建設20個重點中隊，按照《水電（交通）部隊應急救援力量建設“十二五”規劃》和“三步走”實施方案，明確規定：到2015年前，兩支部隊要建成120個重點中隊，把官兵人人鍛造成應急力量的“鐵拳頭”。
 
  目前，兩支部隊先后拿出4000余萬元用于應急力量建設，配備了GPS衛星定位儀、全站儀、水準儀、生命探測儀、便攜式衛星站、PC 400型挖掘機、SH 210型挖掘機和俄羅斯生產的雷達地質探測儀等現代化裝備。2010年以來，兩支部隊建立完善了有線網、無線網、衛星網、機動通信系統，使任務部隊與指揮部、總部和國家行業主管部門在語音通信、圖像傳輸、可視對講等方面實現互聯互通。
 
  在2010年青海玉樹抗震救援中，武警水電、交通部隊的5支應急救援分隊快速反應，第一時間搶通道路12條，搶修電網線路千余米，并提前完成玉樹災區廢墟清理任務，用實戰檢驗了應急救援建設的初步成果。