造成回灌井堵塞，可能是物理、化學或生物某一方面的原因，也可能是它們共同作用的結果。分析已有的實際經(jīng)驗，可以把回灌井堵塞的原因歸納為下面六種情況（武曉峰、唐杰，1994）。

  1．懸浮物堵塞
  回灌水中的懸浮物含量過高會堵塞多孔介質(zhì)的孔隙，從而使井的回灌能力不斷減小直到無法回灌，這是圓灌井堵塞中最常見的情況。因此通過預處理控制回灌井中懸浮物的含量是防堵塞的首要因素。在回灌灰?guī)r含水層時，控制懸浮物在30mg/L以內(nèi)是一個普遍認可的標準。

  2．微生物的生長
  回灌水中的或當?shù)氐奈⑸锟赡茉谶m宜的條件下在回灌井周圍迅速繁殖，形成生物膜，堵塞介質(zhì)孔隙，降低含水層的導水能力。防止生物膜的形成，主要通過去除水中的有機質(zhì)或者進行預消毒殺死微生物的手段來實現(xiàn)。在多數(shù)用氯消毒的情況下，典型的余氯值是1-5mg/L。

  3．化學沉淀
  當回灌水與含水層介質(zhì)或地下水不相容時，可能引起某些化學反應。不僅可能因形成的化學沉淀堵塞水流通道，甚至可能因新生成的化學物質(zhì)而影響水質(zhì)。
  有些碳酸鹽地區(qū)通過加酸來改變水的pH值，以防止化學沉淀的生成。因化學引起的水質(zhì)問題應視具體情況進行具體分析。

  4．氣泡阻塞
  回灌過程中，在一定的流動情況下，水中可能挾帶大量氣泡。同時水中的溶解性氣體可能因溫度、壓力的變化而釋放出來。此外，也可能因生化反應而生成氣體物質(zhì)，最典型的如反硝化反應會生成氮氣和氮氧化物。氣泡的生成在淺水含水層中并不成問題，因為氣泡可自行溢出。但在承壓含水層中，除防止回灌水挾帶氣泡之外，對其他原因產(chǎn)生的氣體應進行特殊處理。

  5．黏粒膨脹和擴散
  這是報道最多的因化學反應產(chǎn)生的堵塞，所以單獨列為1種。具體原因是水中的離子和含水層中黏土顆粒上的陽離子發(fā)生交換，這種交換會導致黏粒的膨脹和擴散。這種原因引起的堵塞，可以通過注入CaCI2等鹽來解決。

  6．含水層細顆粒重組
  多數(shù)回灌井在回灌過程中要進行回揚或當作開采井，反復的抽、灌水可能引起存在于井壁周圍的細顆粒介質(zhì)的重組，這種堵塞一旦形成，很難處理。所以在此種情況下，回揚的頻率不宜太高。
  回灌井的堵塞現(xiàn)象，在初期以物理堵塞（氣相、懸浮物堵塞）為主；在中期以化學沉淀堵塞（鐵質(zhì)、鈣質(zhì)鹽類沉淀堵塞）為主；在后期以生化堵塞（鐵細菌、硫酸鹽還原菌、排硫桿菌、脫氮硫桿菌等生化作用而產(chǎn)生堵塞）為主。
  在回灌井堵塞中，生物化學作用堵塞，特別是鐵細菌堵塞是經(jīng)常發(fā)生的。，一旦發(fā)現(xiàn)，回灌井的機能就基本喪失或報廢，危害極大。鐵細菌為好氧菌，能在中性或偏酸性介質(zhì)中發(fā)育，能接觸性地加速Fe2+氧化成Fe3+，從而形成Fe(OH)3沉淀，并利用這個反應中釋放出來的能量來維持自己的生命。這種由于Fe(OH)3的聚集而使回灌井腐蝕與堵塞稱鐵細菌堵塞c  下水中所含的鐵主要以Fe(HCO3)2的形式存在，在鐵細菌的作用下，其反應如下：

  2Fe(HC03)2+ H20+1/202→2 Fe(OH)3+ 4COz+能量鐵細菌的生長條件，經(jīng)試驗可歸納為以下幾點：

  1．適宜的水溫
  鐵細菌是種“嗜冷”微生物。在回灌井中最適于生長的水溫在12℃以上。

  2．豐富的Fe2+
  鐵細菌以Fe2+為生。因濾水管是鐵管纏絲，易發(fā)生電化學腐蝕，溶解于地下中的大量Fe2+，可供鐵細菌生長。

  3．所需的溶解氧
  鐵細菌對氧的需要不亞于Fe2+。地下水中的溶解氧一般僅1-2mg/L。但由于回灌水含較高的溶解氧，為8-11 mg/L，還有空氣混入井內(nèi)，也增加了地下水溶解氧的含量，為鐵細菌的大量繁殖提供了條件。另外，溶解氧也加速電化學腐蝕，使地下水中的Fe2+含量增加。

  4．合適的pH值
  當pH值在8以上時，水中不含F(xiàn)e2+，間接抑制了鐵細菌的生長；當pH值在6.5-7.5之間時，最有利于鐵細菌生長。

  5．共生的有機物
  從顯微鏡下鑒定可知，常有多量的有機物與之共生，故可以認為，地下水中含有機物時，易促使鐵細菌的生長。