根據井的堵塞性質和原因，可采用連續回揚法、化學法和滅菌法等處理方法。

  1．回揚
  為了消除堵塞、保證回灌井正常灌水，必須定期進行回揚清洗。回灌井的回揚次數和回揚時間，視含水層的透水性大小而定。其次要考慮回灌井的特征，回灌水源的水質，回灌量以及回灌技術方法。
  在中、細砂顆粒含水層中回灌，真空回灌每日回揚一次。用自來水管網壓力回灌，每日回揚1～2次。用機械壓力加壓回灌，每日回揚2-3次。至于每日回揚時間的確定，以每次抽完渾濁水后出清水為限，一般需15-30分鐘。
  對于一般輕度堵塞的回灌井，可直接用連續回揚方法處理，直至井的單位開采量和動水位恢復，方可繼續進行回灌。在回揚過程中需按時測定井的回揚量與靜、動水位，取水樣分析化學成分等。
  對于堵塞程度較嚴重的回灌井，可用回揚與間歇停泵反沖的處理方法；或用回揚與壓力灌水相結合的處理方法。

  2．化學處理方法
  如果濾水管沉淀物是CaC03或Fe(OH)3，已與砂膠合成Ca質或Fe質結垢，在濾水管上形成堅硬的水垢時，一般可用HCI(濃度10%，加酸洗抗蝕劑)處理。因為兩者作用可生成溶解性的CaCI2。但在用鹽酸處理之前，必須掌握井管口徑，深度、材料、靜動水位等資料。
  鐵細菌堵塞的防治措施，一般在水中加藥殺菌或提高PH值（加石灰），使之變為堿性水，以抑制鐵細菌的生長。通常在冬灌期，定時定量加漂白精，與水一起灌入井內，能有效地殺死鐵細菌。

  3．防止堵塞的方法
  為防止發生各種堵塞現象，在回灌過程中應做好以下各項工作：
  (1)堅持定時回揚，每次回揚必須把渾水抽清，掌握好回揚次數和時間；
  (2)經常檢查回灌裝置的密封效果，如發現漏氣，則須及時處理；
  (3)為防止污水倒流井內，避免空氣混入，提高密封效果，須在回揚水管路安裝單流閥或“U”形管，或把揚水管出口沒入水中，形成水封；
  (4)定期檢測回灌水源和回揚水的水質；
  (5)掌握好回灌量和地下水位的動態變化，及時檢查有無堵塞現象；
  (6)回揚時，若發現物理、化學沉淀堵塞時，需立即停灌，采取連續回揚處理。此時加適量藥劑（如漂白粉），防止鐵細菌生長。