20世紀90年代是計算機和軟件技術飛躍發展的階段。PC機普及到各個野外隊乃至個人，使海量化探數據處理和多樣化處理成為可能。GIS的出現，給多元素化探信息空間疊加分析提供了有力工具，為地學研究提供了更豐富、更有效的化探信息資源。高級編程語言的出現，編程方法技術的提高，大大改善了數據量的限制，對于高性能的計算機，可以處理上百萬條記錄的地球化學數據。同時，一些新的化探數據處理方法也不斷推出，如分形、人工神經網絡的應用等。90年代地球化學數據處理的特點表現為區域性和多元性。
 
  數據處理軟件的更新，即對已有化探處理軟件的更新，采用新的語言改寫。物探所在承擔的“化探工作站”和“省級區域地球化學數據庫信息系統”項目中，對80年代開發的常規統計分析和多元地球化學數據處理軟件進行了移植，大大提高了化探數據處理的效率。在開發方法上，一方面直接采用Borland C++、Visual C++、Visual Basic等開發工具，開發成COM、DLL或ActiveX控件方式，優化了開發過程以及代碼的重利用；另一方面基于GIS軟件提供的二次開發功能，結合高級語言，開發具有空間分析功能的地球化學數據處理模塊。再就是直接利用商業數據處理軟件，如Geosoft、Surfer、SPSS等軟件系統。
 
  在數據處理新方法方面，主要是非線性數據處理方法的應用。余金生等提出了空間濾波方法（余金生，蔣金荷，張效民，1994），主要利用因子協同克里格法處理區域化探數據，對異常進行識別和分類評價。成秋明、李長江、施俊法等將分形、混沌及人工神經網絡引入到區域地球化學數據的處理，主要用于異常下限確定、異常分離、地球化學數據模擬等（成秋明，2001;李慶謀，成秋明，2004;李長江，麻土華，1997; 1999）。李方林、鮑征宇等借鑒地球物理處理技術，包括小波變換、梯度法、傅立葉變換等，提出了將譜分析和數字濾波應用于地球化學數據處理的方法。地球物理處理方法的引入，使地球化學數據處理方法又增添了新的內涵（李方林，鮑征宇，1999;裴韜，鮑征宇，1998，1999）。
 
  張遠飛等應用遙感圖像分類方法，提出多元地球化學模式識別技術，通過多元素地球化學展示元素的空間分布規律及共生組合關系（張遠飛等，2004）。
 
  地理信息系統(GIS)是近十幾年來迅速發展的空間數據操作系統，它是一種集數據獲取、數據管理、空間分析和顯示為一體的計算機軟件系統。應用GIS可以實現海量地球化學數據的管理、可視化數據操作、編制單元素及多元素數據的地球化學圖和綜合空間分析等。我國用于地球化學數據處理的GIS系統主要有Arclnfo (ArcView). Maplnfo、MapGIS等。另外，國內大學、研究所、政府機構等，還針對地球化學數據的特點'開發了基于GIS的專業型地球化學數據管理處理系統，如GeoMDIS、GeoExpl、MRAS等，地理信息系統的應用將地球化學數據處理推向了一個新的高度。